Sparčiai augant krovai uosto pietinėse bendrovėse, nuspręsta keisti Malkų įlankos parametrus – gilinti ją iki 14,5 metro. Šiuo metu atliekamas tokio gilinimo poveikio vertinimas. Draustinis – kliuvinys Uosto direkcija jau buvo nusprendusi tvarkyti Malkų įlanką pagal 13,5 metro gylį. Tam buvo gautas ir Poveikio aplinkai vertinimas. Dabar gyliai Malkų įlankoje yra per maži. Prieš pradedant gilinti įlanką, būtina sutvirtinti krantą pagal Smeltės pusiasalį. Tai daryti trukdė Smeltės valstybinis botaninis draustinis. Draustinio teritorijoje nevykdoma jokia ūkinė veikla