Vilniaus miesto savivaldybė kreipėsi į generalinę prokuratūrą su prašymu pradėti ikiteisminį tyrimą, dėl buvusios Finansų ministrės Ingridos Šimonytės ir buvusio Ministro Pirmininko Andriaus Kubiliaus piktnaudžiavimo ir tarnybos pareigų neatlikimo, rengiant Lietuvos Respublikos nekilnojamojo turto mokesčio įstatymo pakeitimus bei teikiant juos Seimui. Dėl šių veiksmų Vilniaus miesto savivaldybė 2012 m. neteko 18 mln. litų.
2011 m. įsigaliojusiais Nekilnojamojo turto mokesčio įstatymo pakeitimais, kuriuos iniciavo ir parengė Finansų ministerija ir kuriuos Seimui pateikė Vyriausybė, buvo padaryta didėlė žala savivaldybių biudžetams, iš jų didžiausią žalą patyrė Vilniaus miesto savivaldybė. 2012 m. planas neįvykdytas 32,7 proc., t. y. negauta 36,2 mln. Lt, iš kurių 18 mln. Lt dėl šio įstatymo pakeitimų.
Valstybinės mokesčių inspekcijos prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos 2012-10-14 rašte nurodoma, jog „išanalizavus deklaruoti mokesčio pokytį, nustatyta, kad didžiausią nekilnojamojo turto mokesčio sumažėjimą deklaruoja lizingo bendrovės. Pagrindinė tai lėmusi priežastis būtų nuo 2011-01-01 pasikeitusios NTM įstatymo nuostatos“.
Nepaprastu skubėjimu bei didele teikiamų pakeitimų gausa visuomenei ir Seimo nariams buvo trukdoma objektyviai ir kritiškai įvertinti teikiamo Įstatymo projekto nuostatas. Vyriausybė 2010 m. spalio 14 d. posėdyje pritarė 28 įstatymų pataisų projektams, tarp kurių buvo 2011 metų valstybės biudžeto projektas ir dar 8 mokestinių įstatymų pataisų projektai (įskaitant Nekilnojamojo turto mokesčio įstatymo pataisų projektą). Seimo kanceliarijos Teisės departamentas dieną iki Įstatymo projekto pateikimo Seimo posėdyje, t. y. 2010 m. spalio 18 d. nurodė, jog savo išvadą pateiks Seimo Statuto nustatytais terminais. 2010 m. spalio 19 d. Seimo plenariniame posėdyje buvo pritarta minėto Įstatymo projekto pateikimui, nesulaukus Seimo kanceliarijos Teisės departamento išvados. LR Seimo kanceliarijos Teisės departamento 2010 m. spalio 21 d. išvadoje buvo pateikta daug pastabų dėl siūlomo teisinio reguliavimo ydingumo, neatitikimo asmenų lygiateisiškumui ir sąžiningai konkurencijai.
Specialiųjų tyrimų tarnyba (STT) savo išvadoje paneigė projekto rengėjų teiginius ir sukritikavo projekte pasiūlytas įstatymo nuostatas, kurios sudaro prielaidas korupcijai.
Pasinaudodami įstatymo pakeitimais ir sudėtinga mokesčio mokėjimo kontrole asmenys ėmė vengti mokesčio mokėjimo, kai jie nekilnojamąjį turtą faktiškai naudoja (nepateikdami mokesčio deklaracijos), tačiau vengia įforminti naujos statybos ar rekonstrukcijos baigtumą. Vilniaus miesto savivaldybėje 2013 m. vasario-balandžio mėn. vykusių patikrinimo metu nustatyta, jog iš 314 nebaigtos statybos negyvenamosios paskirties pastatų yra naudojami net 197 pastatai (62,7 %).
Vilniaus meras A. Zuokas prašo prokuratūros pradėti ikiteisminį tyrimą ir įvertinti pareigūnų atsakomybę, kurie puikiai žinojo, jog tokie sprendimai pakenks savivaldybių biudžetams, o ypač Vilniaus miesto savivaldybės finansinei situacijai.
