Žiemomis didesnė šių erelių dalis sutinkama savo veisimosi teritorijų apylinkėse. Kiti  žiemą dažnai klajoja ieškodami kritusių gyvūnų, sutinkami sąvartynuose ar prie neužšalusių vandens telkinių, kur gali susirasti maisto. Tačiau atšiauresnėmis žiemomis, kai užšąla dauguma vandens telkinių ir nusistovi stora sniego danga, žiemojančių šalyje jūrinių erelių skaičius gerokai sumažėja. Tuo metu piečiau pasitraukia nemaža dalis jaunų paukščių. Dauguma likusių žiemoti jūrinių erelių koncentruojasi prie neužšalusių vandens telkinių. Lietuvoje sausio-vasario mėnesiais žiemoja apie 400-500 jūrinių erelių.

Kasmetines žiemojančių jūrinių erelių apskaitas T.Ivanausko zoologijos muziejaus ornitologai vykdo jau daugiau kaip 16 metų. Apskaitų metu įvertinamas žiemojančių paukščių skaičius ir amžius, kylančios grėsmės, pateikti pasiūlymai dėl apsaugos.

Bene svarbiausia jūrinių erelių žiemavietė šalies kontinentinėje dalyje yra Nemuno upė Kauno mieste. Pagrindinė žiemojančių jūrinių erelių sankaupų vieta yra 18 km ilgio Nemuno upės vagos atkarpa nuo Kauno hidroelektrinės iki Lampėdžių (Česlovo Radzinausko) tilto. Dalis upės vagos neužšąla net ir per didelius šalčius, o švelnesnėmis žiemomis nepadengta ledu išlieka beveik visa ši upės atkarpa. Atviro vandens plotai pritraukia gausybę žiemoti pasilikusių vandens paukščių, kurių tarpe pasitaiko nesveikų, ligotų. Tokiais paukščiais bei žuvimis ir maitinasi žiemojantys ereliai.

Ramiose, nuošalesnėse pakrantės vietose augančiuose medžiuose ir krūmuose jūriniai ereliai mėgsta tupėti, doroti grobį, o didesniuose parkuose, priemiesčio miškuose – susirasti saugias nakvynės vietas. Žiemą Kauno mieste prie neužšalusios Nemuno upės atkarpos ar nedidelių properšų žiemoja 3-14 jūrinių erelių.

Šiais metais vykdytos apskaitos metu stebėti keturi jūriniai ereliai – suaugęs ir trys jauni paukščiai. Pavyko užfiksuoti ir žieduotą suomišką erelį, kuris į mūsų šalį atskrido net iš tolimosios Laplandijos.